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吴阶平医术精湛，医德高尚，他深刻体会病人的痛苦、家属的心情。他认为医生除了专业知识，还要懂得心理学、社会学、经济学。临床工作要以高尚的医德、精湛的医术为基础；而且还要有服务的艺术，医生要善于发挥病人的积极性，取得家属的合作，以便很好的提高治疗效果，利于病人的康复。
吴阶平还是一位杰出的医学教育家，1946年就开始了他的教学生涯。他很欣赏F培根(Bacon 1561—1626)的警句：“学问本身并不教给人如何运用它，运用学问的智慧在学问之外，靠观察体会才能得到”，并结合自己成长过程中的经验来启发学生，说明解决一切实际问题的能力只能来自实践，否则就不能真正懂得前人从实践总结出来的知识，更不能掌握这些知识为自己所用。他说：“……实践、思考、知识的自觉结合至关重要。三者缺一不可，思考是结合的关键，从重视思考到善于思考要认真学习辩证唯物主义，在实践中认真总结自己的学习体会。”1987年6月13日北京医科大学向吴阶平颁发了首届“伯乐奖”荣誉证书和闪光的银鼎。吴阶平兴奋地表达自己的感想：“我平生获得的奖励不只一种，但我最重视的是北京医科大学授予我的第一个‘伯乐奖’。”
吴阶平长期担任毛泽东、周恩来等党和国家领导人的保健医生及医疗组的工作，为党和国家领导人的健康做出了重大贡献。
吴阶平历任北京第二医学院院长，中国医学科学院副院长、院长、名誉院长，北京协和医科大学校长、名誉校长，北京医科大学泌尿外科研究所所长、名誉所长，中华医学会会长、名誉会长，中国科协副主席，国际计划生育联合会中央理事会理事、副主席、亚太地区主席，九三学社中央委员会副主席、主席，全国人民代表大会代表、教科文卫委员会委员、全国人大常委会委员、副委员长等职。他还是中国大百科全书总编委会副主任，中国医学百科全书编委会副主任，《中华泌尿外科杂志》主编，《中华医学杂志》英文版顾问，国际内分泌外科医生协会会员等。
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